无论是滚筒筛海是洗海砂设备，都需要使用淡水进行清洗工作，这样清洗水的处理就是一项非常重要的事情，清洗水中大量的氯离子使得其不能进行循环利用，只能将其沉淀后排入海洋中去。同时在海沙淡化设备生产线中安装有氯离子检测仪，每小时对氯离子进行一次检测，以确保海沙产品达到建筑行业用沙标准。

除去氯离子最有效的方法就是生成氯化物沉淀或者将氯离子变成气体排出。但这两种方法的投入成本相对较高，在现实生活中一般是不会采用的。在常用的海沙淡化生产线中，多使用物理上的清水清洗方法。它的主要原理就是利用清水来稀释氯离子，使得清洗后海沙中的氯离子含量达到标准值以下。